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【干貨分享】第一期:q-PCR陰性樣本擴增曲線下沉?

集高靈敏度、快速、高特異性于一身的qPCR,是分子診斷學最常用的一種方法;然而,大家常常會被它的異常曲線所困擾。

2022-01-20

集高靈敏度、快速、高特異性于一身的qPCR,是分子診斷學最常用的一種方法;然而,大家常常會被它的異常曲線所困擾。比如,某個通道所有陰性樣本的擴增曲線都向下傾(如下圖)。今天,伯杰技術就與您分享導致這種“怪異曲線”的原因及解決方案。

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原因分析

這種怪異曲線下傾的根本原因是qPCR儀矯正過度導致的,熒光的發射光譜是一個拋物線,常見的熒光物質FAM、 VIC、 ROX的發射光譜之間存在交叉(如下圖),qPCR 儀通過計算減去因交叉誤讀的信號,常見的計算方法是:A 通道計算得到的信號(FA)= A通道檢測的信號– B通道檢測的信號*K,這個的K是機器預設的固定參數;有時,B通道串到A通道的實際信號的比值要小于固定參數K,設備在計算時就導致了A 通道擴增曲線向下傾斜的情況。

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舉個例子,在FAM通道檢測的信號中,假設機器預設ROX通道串到FAM 通道的K=20%,但是實際上串到FAM 通道的ROX信號只占ROX通道檢測信號的10%;而機器在計算時,只會按照預設的固定參數K=20%進行計算,即,FAM通道每次都會多減去10% ROX通道的檢測信號。隨著擴增ROX通道信號越來越大,FAM通道多減去的信號也越來越大,若此時FAM 通道是陰性樣本,就導致擴增曲線傾斜的更嚴重。

解決方法

其實解決這種怪異曲線的方法很簡單,只需在分析數據的時候,關閉其他通道,單獨分析這一個通道即可,具體的操作步驟如下——
1、打開需要分析的數據,如下圖所示:

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2、點擊”Plate” → “Advanced Setup”,關閉其他通道,如下圖所示:

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3、點擊”Results”,回到結果分析界面,然后,點擊“Analyze”重新分析即可,如下圖所示:

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看,重新分析后的曲線,是不是清爽許多?回到了原來那熟悉的樣子圖片

(本文以ABI Q5儀器為例,其他機型如遇該問題,也可使用該方法調整、分析)