推薦意見1：

實時熒光PCR包括單靶標或多靶標呼吸道病原體核酸檢測，可作為核酸即時檢測法的參考方法，主要適用于門急診、住院患者和大規模人群篩查。

推薦意見2：

免疫功能正常、存在住院風險的氣管支氣管炎成人患者。針對此類人群，建議采用多靶標病原體核酸檢測技術明確病原，以縮短抗生素使用時間和患者住院時間。

推薦意見3：

建議對重癥社區獲得性肺炎患者同時進行常規病原學檢查和核酸檢測，以提高病原體檢出率。

推薦意見4：

醫院獲得性肺炎和呼吸機相關肺炎患者，病原學診斷應以傳統培養方法為主，必要時聯合采用多靶標病原體核酸檢測，無需常規行mNGS，僅在患者存在免疫缺陷、3d內未通過傳統微生物檢驗明確病原體且經驗性抗感染治療無效時，考慮行以DNA測序為主的mNGS。

需根據疾病流行情況、患者病情嚴重程度、癥狀持續時間、合并癥情況、免疫抑制狀態評估結果、其他輔助檢查結果的可參考性以及對預后的初步評判，決定是否對疑似急性上呼吸道感染的上述患者進行檢測。

新型冠狀病毒肺炎或流感大流行期間，快速分子檢測有助于預檢分診、縮短就診時間、減少傳染病傳播風險；又如，當患者免疫功能嚴重受損，同時疑似流感樣癥狀時，或者呼吸道病毒檢測可能會影響醫生抗病毒藥物或停用抗生素的決定時，需要對呼吸道病毒進行檢測。

在流行風險高的季節，高危人群（老年人、兒童、孕產婦、合并基礎疾病患者）進行流感病毒檢測可能比經驗性抗流感治療更經濟。此外，快速的結果反饋（如2h內即出結果的快速分子檢測）能夠縮短患者門急診就診時間，降低流感傳播風險，有利于傳染病控制。

在流感病毒、新型冠狀病毒等大流行期間，門急診針對上述兩種病毒的抗原檢測或分子診斷技術有助于快速分診并指導隔離防控，避免院內傳播，但前者敏感性低于后者。對于免疫功能正常且存在住院風險的成人患者而言，盡快采用多重PCR技術明確病原，可能會縮短抗生素使用時間和住院時間，但兒童毛細支氣管炎患者并不推薦常規病毒檢測。

若懷疑為支原體、衣原體、軍團菌、病毒等感染時，可采用血清特異性抗原、抗體檢測聯合核酸檢測和分離培養；實時熒光PCR、等溫擴增、數字PCR、高通量測序技術可同時檢測多種病原體，提供病原體分型、毒力基因和耐藥基因等深入分析。如果臨床傾向于RNA病毒感染，建議選擇RNA高通量測序。危重癥患者同時開展常規病原學檢查輔以病原體核酸檢測，兩者可相互補充，有利于快速準確確定致病原，更好地服務于臨床。

對于有流行病學史、流感樣癥狀或病情嚴重需要住院治療的AECOPD患者，推薦盡早進行流感病毒、新型冠狀病毒等呼吸道病毒的抗原和/或核酸檢測，核酸檢測的敏感性高于抗原檢測。 

免疫功能受損患者，發生下呼吸道感染時病原學構成更加復雜，條件致病菌、少見病原體、混合感染發生的比例更高，此時患者病情更重、進展更迅速。可考慮多種方法并行送檢，臨床常需積極開展涵蓋目標病原體的多靶標核酸檢測或 mNGS以盡早診斷致病病原體。