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迪拜世博會丨大咖解讀下一代分子診斷技術:CRISPR/Cas系統

理想的病原體核酸檢測方式應該是準確、靈敏、快速、廉價、便攜,并且能在各種環境下對任何病原體進行檢測。

2021-12-10

理想的病原體核酸檢測方式應該是準確、靈敏、快速、廉價、便攜,并且能在各種環境下對任何病原體進行檢測。近年來,基于成簇間隔的短回文重復序列及其關聯蛋白(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/CRISPR-associated proteins, CRISPR/Cas)的新型分子診斷工具,似乎具有成為這樣理想化核酸檢測平臺的潛力

下一代分子診斷技術!

從1987年首次發現CRISPR, 到最近幾年CRISPR-associated(Cas)技術的廣泛應用,以及2020年的諾貝爾化學獎頒給了CRISPR的發現者,CRISPR技術被譽為會改變和造福人類的發明。短短幾年時間,CRISPR技術成為科研界的熱門內容,被稱為下一代分子診斷技術!

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2020諾貝爾化學獎得主:

Emmanuelle Charpentier教授、Jennifer Doudna教授


而關于CRISPR技術在臨床領域及新冠檢測方面的應用,也成為了近期的討論熱點。中國科學院趙國屏院士、復旦大學附屬中山醫院胡必杰主任就在2020迪拜世博會中國館上海日《走近伯杰, 了解新冠抗疫中國方案、中國速度》專題直播中,圍繞著新冠核酸快速檢測技術,帶來了關于CRISPR技術干貨滿滿的分享與討論。

從新冠核酸檢測說開去

在專題講座《速度為先 | 新冠核酸快速檢測技術的應用及展望》中,胡必杰教授提出對于現在新型冠狀病毒,國家提到了快速檢測,上海市自10月28日起,全市首批21家二級以上綜合性醫療機構面向市民提供24小時核酸檢測服務,爭取6小時出報告,對于現在新冠快速核酸檢測技術,與趙院士一起探討了值得期待和進一步開發的技術和應用。

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趙國屏院士以新冠為例,講到對于一個“好的”臨床檢驗產品,有5個關鍵要求:

第一,就是要正確,不能“錯怪好人”,不能出現“假陽性;必須準確,不能“張冠李戴”,專一性、特異性要好。第二一定要靈敏,也就是說不能“放過壞人”,不能出現假陰性。第三最好能夠“定量”。定量是確定檢測結果準確與否的重要佐證。第四,要快速,簡便;第五成本要盡可能低。

胡必杰教授表示,趙院士提到的“不抓錯好人”、“不放過壞人”,同時定量,讓臨床醫生更加精準地去辨別是感染的病原體還是污染的病原體,同時簡捷方便與價優,是非常重要的。如果一項分子診斷技術非常昂貴,很多病人享受不到,只有達到以上五點要求,這項技術才能廣泛應用到臨床,最終讓老百姓和普通病人得益。


等溫擴增與CRISPR診斷技術的有機結合

而后趙院士提到,在過去幾十年的時間里,等溫擴增技術得到了極大的發展,現有也已經開發了很多種方法體系,包括經典LAMP技術和RPA技術。等溫擴增有快速靈敏,對儀器要求低,是分子POCT診斷領域重要的技術力量。


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第二項技術即是最近發展的CRISPR診斷技術。主流CRISPR診斷技術主要基于CRISPR-Cas12或Cas13來開發,利用了Cas蛋白“反式切割活性”,可以將體系中的單鏈核酸高效的切割。

所以,CRISPR診斷的原理就是:當待檢體系中存在靶標核酸時,Cas蛋白在向導RNA的引導下特異識別靶標序列,形成復合物,進而被激發出針對切割單鏈核酸的“反式切割活性“,將體系中的熒光標記探針切碎,發出熒光信號,完成檢測過程,通過檢測體系是否發光來判斷靶標核酸是否存在。

將恒溫擴增和CRISPR診斷技術結合起來,既可以利用恒溫擴增的快,靈敏和簡便,又可以利用CRISPR的特異和靈敏,在進行快檢的同時,既不用擔心檢測的假陽性和假陰性問題,也不用擔心PCR檢測中不確定的“灰區”問題。


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對于伯杰利用由其實驗室開發的,吐露港公司授權的CRISPR診斷專利技術,成功開發的國內首款CRISPR快檢一體機BG-Nova-X8,院士對其速度和通量表示了贊賞,認為儀器可以在30-40分鐘內完成24個新冠標本檢測,可以期待這個系統能夠為新冠快檢多做貢獻。

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趙院士提到,未來技術的展望,等溫擴增的特異性和靈敏度都需要進一步提升,可以通過和別的技術結合,“取長補短”來提升檢測特異性和靈敏度,這一次伯杰將等溫擴增與CRISPR技術的嘗試,就是邁出了可喜的一步。

等溫擴增的一管多重問題還需要創新的思路或者原理方面的突破,另一方面把恒溫擴增,CRISPR診斷技術,和數字PCR技術的絕對定量原理結合起來,來實現絕對定量,在未來有更多發展的可能性。 


CRISPR技術的未來研究方向

可以說,CRISPR/Cas系統毫無疑問為感染性疾病的診斷提供了新的方法和契機,總結來說,它具有如下優點:


· 相較于基于PCR的傳統方法,毫不遜色的靈敏度和特異度

· 檢測所需時間短

· 簡單便攜,不依賴昂貴的儀器和嚴苛的實驗環境

· 試劑耐受冷凍干燥,便于儲存和攜帶

· 標本前處理可以非常簡單

· 結果讀取方便,能通過熒光或者肉眼讀取結果、

這幾大優點使得CRISPR檢測平臺可以對病原體核酸分子實現實時快速檢測。根據以上的分析,未來CRISPR技術的兩大研究方向也初見雛形:


第一,是新的Cas蛋白的開發及突變體的篩選鑒定。例如后來發現的Cas14蛋白,不同于Cas12和Cas13,其擅長識別單鏈DNA,豐富了CRISPR工具箱。而具有不同切割特性的Cas蛋白的篩選鑒定為提高檢測通量及降低“脫靶效應”提供了方法。

第二,是將CRISPR/Cas其和其他的技術平臺結合起來,開發新穎實用的生物傳感策略。比如將Cas9蛋白固定于石墨烯場效應晶體管,以及將Cas系統的報告探針固定于電極上,從而實現不需要使用信號擴增的電化學生物傳感器的構建。使用水凝膠作為其響應原件實現多樣化的信號輸出。與微流體技術結合開發出的CARMAN技術,可以對數十個樣本,上百種病毒進行快速檢測,為解決通量低的問題提供了方法等。

不斷地將新興的材料與技術與CRISPR技術結合實現優勢互補,開發出更實用新穎的檢測策略用于感染性疾病診斷,將是未來一段時間內的研究重點。