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【干貨分享】第六期:探秘核酸提取

2022-02-21

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前言

近日,國家藥監局正式發布行業標準《核酸提取試劑盒(磁珠法)》YY/T 1717-2020。此標準對核酸提取試劑盒(磁珠法)的分類、技術要求、試驗方法等進行了相關規范,填補了該領域標準空白,對于分子診斷行業產品的長遠發展、以及現階段新冠疫情防控有著重要意義。


在分子診斷領域,核酸提取是實驗中最基本、最重要的環節,關系著分子實驗的成敗。磁珠法只是核酸提取方法之一,下面就讓我們來了解一下核酸提取的原理和各種方法吧~





核酸抽提原理

簡單來說,核酸抽提包含裂解和純化兩大步驟。裂解是使樣品中的核酸游離在裂解體系中的過程,純化則是使核酸與裂解體系中的其他成分,如蛋白質、多糖、脂質、鹽及其它雜質徹底分離的過程。經典的裂解液幾乎都含有去污劑(如SDS、Tween20等)和鹽(Tris、EDTA等)。去污劑是通過使蛋白質變性,破壞膜結構及解開與核酸相連的蛋白質,從而實現核酸游離在裂解體系中。鹽的作用,則是出了提供一個合適的裂解環境,還包括抑制樣本中的核酸酶在裂解過程中對核酸的破壞、維持核酸結構的穩定等。裂解體系中還有可能加入蛋白酶,促進核酸與蛋白質分開。

常用的純化方法,一是醇沉淀,使用醇將核酸沉淀下來,實現核酸與鹽的分離。二是介質純化,在某些特定的條件下,特殊的固相介質可選擇性地吸附核酸,而不吸附蛋白質及鹽的特點,實現核酸與蛋白質及其它雜質的分離。第三,也有不純化的抽提方法,多用于快速提取。其它雜質如多糖、多酚,基本上都是在這兩種方法的基礎上,通過增加一些特別的試劑,或者增加一些額外的步驟來實現的。




核酸提取方法

01

酚氯仿法

苯酚和氯仿均為有機溶劑,其萃取核酸原理是苯酚與氯仿對于與核酸結合的蛋白質有極強的變性作用,但對核酸本身沒有影響。經離心后,形成上層水相下層酚/氯仿相,變性后的蛋白質溶于酚/氯仿相或者在兩相交界處形成凝膠層,而核酸易溶于水而不溶于有機溶劑從而留在水相;同時,氯仿可以有助于有機相與水相的分離和去除溶于水的部分酚。最后,再將核酸通過乙醇沉淀即可達到提取的目的。

此法的缺點是:


蛋白質難以徹底去除;


操作難度大且費時;


使用危險化學品。


02

熱裂解法

樣本中加入促細胞裂解的化學物質(SDS、Tween 20等),可加入蛋白酶K消化一段時間,也可不加,95℃以上加熱10分鐘左右;高速離心,上清中的DNA即可用于PCR擴增。該方法操作簡便,成本低,一般僅用于血清或體液中病原體核酸的提取。

此方法在臨床應用廣泛,但缺點是:


核酸純度低,產量低;


提取出的核酸除了PCR外不能直接用于其它分子生物學操作。


03

膜過濾柱法

此種方法是利用核酸表面會覆蓋一層由水分子構成的薄膜,在高鹽環境下,這層親水膜會遭到破壞從而核酸可被吸附在離心柱上,而其他雜質如蛋白質、代謝產物等則會被離心沉淀與核酸分離。最后通過洗脫,將核酸從吸附膜上脫離,即可得到純化后的核酸。這也是試劑盒提取中廣泛使用的方法。




但即便如此,該方法仍存在缺點:


高度依賴吸附膜的結合能力;


洗脫不完全導致核酸流失;


無法大量提取核酸,較難實現自動化。


04

磁分離法

攜帶正電荷的磁珠易于吸附負電荷的核酸,主要用于從人血清或血漿樣品中提取DNA 和RNA(例如從血液樣本中檢測HIV 或HBV 病毒基因組的樣品制備)。一般而言,將樣品與結合緩沖液和磁珠混合,核酸與磁珠結合后,經過數次洗滌與磁場捕獲,洗脫下來的核酸即可通過PCR或其它特定方法來檢測特定的DNA或RNA。磁分離法也是廣泛應用于診斷行業,且能實現高通量、自動化的核酸提取方法。




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