新生兒腸道病毒感染的危害主要在于其易引發醫院感染暴發流行，可發展為新生兒敗血癥、急性重型肝炎、心肌炎等，進而威脅患兒生命。

腸道病毒是引起病毒性腦膜炎第一位的病原體。據統計，美國腸道病毒所致的腦膜炎約占無菌性腦膜炎總數的85％。而國內報道腸道病毒感染占病毒性腦炎、腦膜炎的69％～84％

除了手足口病以外，多數腸道病毒引起的皮疹，臨床上僅根據外觀區別、無法進行可靠診斷

皰疹性咽峽炎就是由腸道病毒感染引起的兒童急性上呼吸道感染性疾病，不同血清型腸道病毒引起機體呼吸系統癥狀表現出明顯臨床癥狀差異，除上呼吸道感染外還有下呼吸道感染、肺炎及流感樣癥狀等。